Tranh cãi : Cũng như các loại thực phẩm có tác động sâu từ khoa học như thực phẩm GMO, trồng trọt nhà kính, bón hóa chất để cứu rỗi loài người, thì chiếu xạ thực phẩm cũng có 2 luồn dư luộn ủng hộ và phản đổi. Phía ủng hộ thì rõ ràng như trên là thực phẩm không bị biến đổi vật lí và trữ thực phẩm được rất lâu mà không cần sử dụng bất kì hóa chất nào.
Phản đối khoa học : Thực phẩm chiếu xạ ion hóa giống với sử dụng lò vi sóng ở khía cạnh các tia làm các phân tử DNA bị ion hóa dẫn tới đứt gãy các liên kết cấu trúc DNA của tất cả các vi sinh vật từ trong ra ngoài của thực phẩm. Nghĩa là gây sai lệch một chút cấu trúc phân tử phân tử ADN là nơi chứa mã di truyền, thì gọi là biến dị, và quá trình phân bào sau đó sẽ cho ra loạt các tế bào lỗi di truyền. Khi đó nếu hệ bạch huyết không đủ mạnh để loại bỏ được những tế bào lỗi này thì chúng phát triển thành ung thư.Nếu biến tính mạnh, phân tử không còn tham dự được vào hoạt động sống, lượng phân tử bị biến tính lớn thì tế bào sẽ chết.
Phản đối đại chúng: thiên về những người có cái nhìn tổng quan thực phẩm và vi khuẩn có 2 loại cả tốt và vi khuẩn xấu. Thực phẩm chiếu xạ là thực phẩm rỗng dinh dưỡng, tệ hơn là thực phẩm đã chết sinh học là 1 cái xác không hồn.
Phe phản đối còn e ngại về việc tia phóng xạ dù chất phóng xạ không tác động trực tiếp tới thực phẩm nhưng những tia phóng xạ phát ra liệu có an toàn hơn việc nuốt Ecoli, salamone, listeria, nấm mốc, hay không ?